L’indemnité de congé est calculée selon deux modes de calcul :
- le 1/10e de la rémunération totale de l’année de référence (1er avril – 31 mars),
- le 1/10e du produit du dernier salaire par le temps de travail et assimilé accompli au cours de la période de référence. Cette règle spécifique au BTP, plus favorable pour le salarié, remplace la règle du « maintien de salaire » qui précise que l’indemnité est le produit du 25e du salaire horaire par 2,5 fois le nombre d’heures de travail accomplies au cours de l’année de référence.
En cas de temps de maladie non professionnelle : la rémunération correspondant aux périodes d’arrêt maladie est prise en compte à hauteur de 1/12,5 correspondant à 80 % afin de tenir compte du droit à congé de 2 jours par mois (articles L.3141-24 I 4° nouveau et D.3141-33 du code du travail). 
Le mode de calcul le plus favorable au salarié est retenu. 
Trois éléments sont indispensables pour déterminer le montant de l’indemnité de congé :
- le temps de travail effectif et assimilé au cours de la période de référence,
- le salaire total brut acquis pendant la période de référence,
- le taux horaire ou mensuel de la dernière paie.
 
 
DEFINITION DU SALAIRE TOTAL BRUT
Le salaire total brut correspond au montant des salaires bruts, sans plafond ni abattement, acquis par le salarié pendant sa période d’emploi comprise dans la période de référence, à l’exclusion des indemnités ou des remboursements de frais.
Le montant brut du congé de l’année précédente, lorsque celui-ci a été payé à l’intéressé par l’intermédiaire d’une caisse de congés payés du BTP, est ajouté directement par la Caisse au salaire total brut du certificat de congés. 
En savoir plus sur les éléments à inclure ou exclure du salaire total brut.
DEFINITION DU TAUX HORAIRE DE LA DERNIERE PAIE
Ce taux est obtenu en divisant le montant de cette dernière paie par le nombre d’heures payées correspondant.
Le taux à prendre en considération pour le paiement de l’indemnité de congés doit être celui qui est appliqué à la date du départ en congé. 
La paie ne doit pas comprendre :
- un nombre inhabituel d’heures supplémentaires,
- une prime de rendement d’un montant exceptionnel,
- une prime qui n’est pas régulièrement versée à l’occasion de chaque paie.
NB : Une prime représentative de frais ne peut être retenue.
On doit se référer à la paie précédente. Sont considérées comme heures payées celles correspondant à l’horaire de référence choisi/habituel auxquelles :
- peuvent s’ajouter les heures effectuées au-delà de cet horaire,
- peuvent se déduire les heures non effectuées dans le cadre de cet horaire.
NB : En aucun cas, une gratification ne peut être prise en compte.
DEFINITION DU TAUX MENSUEL
Pour les salariés mensuels, c’est le salaire versé au cours du mois précédant la demande de congé qui doit être retenu, à condition qu’il résulte d’une paie normale et habituelle, à l’exclusion de tout prorata d’une prime annuelle.
Lorsqu’un salarié interrompt son travail au cours du mois considéré, la paie correspondante ne peut être retenue et il y a lieu de considérer celle du mois précédent. 
En cas de modification du taux horaire ou mensuel entre la date d’établissement du certificat et celle du départ en congé, l’employeur doit établir une attestation précisant la date de départ en congé et le taux à cette date.